自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任前世今生，过眼云烟，如同电影胶片一般在脑海中飞快略过，前世的悲惨经历，今世背负的重大目标，都历历在目，有万箭穿心，宋迪感觉自己现在的情况就是万箭穿脑，体内的斗气根本起不到任何的作用，对方那摧枯拉朽的气势瞬间就把宋迪体内的防御力量消灭，抵抗能力根本无法阻挡这虚影从全身四面八方侵入的能量。医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。
